Struktur tubuh dari kerang mutiara berupa cangkang dan isi cangkang yang merupakan tubuh aslinya. yang terbentuk dari jaringan halus yang teranyam dengan pola seperti jaring ikan. Pada bagian dalam jaringan cangkang kerang terdapat mulut-mulut yang tiap mulut terdapat empat bibir. Bibir-bibir tersebut berperan sebagai penyaring yang memasukkan air, udara dan makanan ke dalam cangkang, serta menghalangi pasir atau kerikil masuk ke dalamnya.

Mutiara di dalam kerang mutiara terbentuk akibat masuknya pasir, kerikil atau adanya hewan yang memaksa masuk ke dalam cangkang. Saat partikel-partikel masuk ke dalam cangkang kerang, secara alami moluska ini akan mengeluarkan dua buah lapisan yang disebut sebagai aragonit dan konkiolin. Kedua lapisan tersebut diketahui sebagai bahan pembentuk cangkang kerang. Kemudian proses tersebut akan menghasilkan sebuah bahan yang disebut sebagai nacre yang merupakan induk dari mutiara. Bahan inilah yang nantinya dapat dijumpai di dalam cangkang kerang yang disebut sebagai mutiara.

Ukuran mutiara yang dihasilkan oleh kerang mutiara ditentukan oleh ukuran pasir, kerikil atau hewan, semua partikel-partikel, yang masuk ke dalam cangkang. Tidak semua kerang bisa menghasilkan mutiara dan proses terbentuknya sangat lama, hal inilah yang membuat mutiara alami dibanderol dengan harga tinggi. Namun sekarang mutiara juga sudah bisa dibudidayakan secara buatan dengan teknik yang dinamakan kultur mutiara.

Meski unsur penyusun mutiara terdiri dari kalsium dan protein, namun warna mutiara bervariasi, ada yang merah, pink, putih, biru, hitam, dan ungu. Variasi warna ini tergantung jenis partikel yang masuk serta lingkungannya. Mutiara hitam merupakan mutiara yang paling langka dan bisa ditemukan di daerah Pasifik Selatan.